宋崇宁二年（1103年），朝中大臣范致虚上言徽宗皇帝，攻击程颐宣扬异端邪说，造谣惑众，扰乱视听。于是，朝廷下令河南府追缴并烧毁程颐平生所著之书，驱逐其门下所有弟子。一时间，士大夫与学者谈理学而色变，纷纷转向佛学，无一人复敢言道。
洛学处境维艰之际，杨时并未畏葸缄默，反而信至笃，学至诚，业致精。他借其学官与学者集于一身之便利，沉浸经书，务极旨趣；还辗转东南，设坛讲学，著书立说，阐扬理学，推广师说，以致四方之士，纷纷从学，一州人才，彬彬辈出。
宋政和元年（1111年）三月二日，杨时在任所萧山听说挚友邹道乡病重，便赶往毗陵（今江苏常州）探视。
江苏常州晋陵人氏邹道乡，名浩，字志完，元丰进士，曾官右正言、进中书舍人、迁吏、兵部侍郎，做过江宁、越州、杭州知府，杨时任萧山知县时，便与之过从甚密，感情笃深。三月四日，杨时抵达常州，住龟巢巷，次日往邹府探望道乡，可惜天不假其年，此时邹道乡已处弥留之际，三月九日即病逝。
十二日，晋陵名士周孚先获悉杨时来此悼念邹道乡，连忙前往龟巢巷拜访。
周孚先，字伯忱，曾偕其胞弟周恭先从师伊川凡十七载，伊川每谓孚先兄弟气质纯明，可与人道。后闻伊川讣告，复驰至洛阳。自洛阳归晋陵后，任城东书院山长，专祀二程；后又创办城西书院，孚先主教东院，恭先主教西院。
杨时于洛阳拜表院问学伊川之时，便与周孚先相识，今日相见，自然欢喜。彼此寒喧后，周孚先不由分说，便邀杨时到其讲所城东书院为其弟子传授二程理学。杨时亦不谦辞，欣然随之前往。
到得东城书院，但见弟子盈门，无不谦恭好学。一阵掌声过后，孚先谓之其生徒道：“此公杨时龟山先生，其学问胜我兄弟百倍，尔等之高师耳！”
随即，便有好学生徒向杨时施礼道：“《论语》二十篇，何者为要切？”
龟山正告曰：“若仅以一仁字为《论语》全书之要旨，恐所得非真要旨，反失正意，终无实得也。是故，《论语》全书，篇篇均大要大旨。”
又有一生徒问道：“自古而今，圣贤之书甚多，先生以为读何圣贤之书为善？”
杨时反问道：“尔等为何而读书？”
众生徒道：“修身、齐家、治国平天下也！”
杨时首肯道：“欲遂此宏志，《论语》必读耳！古人云：半部《论语》即可治天下。何故？此书言尽仁义孝悌忠信也！”
于常州勾留数日后，杨时听说福建邵武人士李纲寓居梁溪（今江苏无锡），便绕道前往拜访。在无锡，杨时发现此地物饶民丰，人文鼎盛，民风极纯正。尤令其欢喜者，曾师从于伊川先生之学士唐棣，门下弟子胡埕、俞樗，或设坛授学，或著述立言，探究理学。感奋之余，杨时便决意在此创办书院教授生徒，弘扬伊洛之学。
是年五月，杨时与女婿陈渊再次前往无锡，着手创办讲学场所。几经考察，他买下无锡老城东门内临七箭河畔一座轩敞之旧宅，请来工匠，将其改建为书院。朔月，书院即告竣。
一日，杨时立于院前，谓之陈渊曰：“书院即日便开馆，只是尚无命名。”说罢，转身目视其婿。
陈渊便不揣冒昧道：“岳父大人平生所作诗文良多，然最喜《东林道上闲步》一诗。将‘东林’二字为书院名，如何？”
谈起《东林道上闲步》诗，杨时不禁想起十六年前游览庐山之情景。
宋元丰八年（1085年）7月，杨时继母廖太君过世，曾归制回乡理丧尽孝三年。三年后，杨时回任所虔州（今江西赣州）。途中，他绕道九江，直奔庐山。那天，正值望月。游完三叠泉、仙人洞、含鄱口等景点后，又观看了观音桥、白鹿洞书院等建筑。日暮时分，他来到五老峰西北角东林寺投宿。
这东林寺乃我国佛教净土莲宗发源地。东晋太元六年（381年），名僧慧远在此建寺讲学，并创立白莲社，倡导弥驼净土法门，后世佛教信徒便尊他为净土宗始祖。当晚杨时于斋膳堂用膳后，便在寺院旁的林荫小道上独自散步。此时，只见皓月初升，清辉朗照，寺院四周，清凉如水，寂静无声，又见院前小溪雾霭氤氲，轻云笼烟，美不胜收，杨时情不能已，便随口赋得《东林道上闲步诗》一首：
寂寞莲塘七百秋，
溪云庭月两幽幽。
我来欲问林间道，
万叠松声自唱酬。
吟罢，忽想起这寺院之掌故，想到理学先贤周敦颐濂溪先生晚年落魄，筑室于匡庐山下小溪之畔，皓首穷经，著书布道；又念及自己虽一心讲学传道，意欲张大师门，无奈政事缠身，至今依然无所作为，一时心中感慨万千，便又赋诗一首，以表心绪：
百年陈迹水溶溶，
尚忆高人寄此中。
晋代衣冠今复在，
虎溪长有白莲风。
而今，即将于无锡开馆授徒，阐扬理学，倡道东南，完成平生之夙愿，自然兴奋不已，连忙称道：“东林，有道存其中，移之为书院名，甚合我意也。”
言毕，挥毫泼墨，便于朱漆牌匾之上赫然写下“东林书院”四字。
东林书院开馆后，杨时又是聚徒授学，又是著书立说，极力宣扬二程理学，江南各地学士闻之，纷纷投入门下。
政和四年十一月，杨时奉宋徽宗圣旨自余杭寓居毗陵。是年十二月，杨时便着手作《中庸义序》，常至夤夜。小婿李郁劝之珍重身体，杨时叹息道：“《中庸》之书，乃圣学之渊源，入德之大方，河南先生推崇有加。
而今二程之立言垂训为世大禁，世人无敢言道，其行者，为学者之悲也。颖昌归日，明道先生曾寄道南之厚望，吾岂敢违逆先生之期许？今日吾欲著此书，追述先生之遗训，以其所闻，推其所未闻者，虽未足尽传先生之奥，亦妄意其庶几焉。”《中庸义序》完稿后，杨时又秉烛夜书，为已校正的《伊川先生易传》作后序。
光阴荏苒，如白马过隙。转眼便到了宋徽宗宣和二年（1120年）之端午节。这日中午，杨时想起少年时在家乡过端午节，户户挂菖蒲，家家吃米粽，喝雄黄酒，大人小孩围聚金溪河畔看赛龙舟之热闹情景。而如今，身在异乡为异客，思乡思亲之情油然而生，便自叹自吟道：
悠悠南北各天涯，
欲望乡关眼已花。
忆得高庭谁与语，
应怜游子未还家。
吟罢，唏嘘不已，潸然泪下。
这时，忽接门人禀告：“老爷，沙县罗从彦求见。”
杨时闻报，转忧为喜，连忙吩咐道：“有朋自家乡来，思乡之渴解矣。快请！快请！”
这罗从彦（1072—1135年），字仲素，号豫章先生，乃福建沙县城西洞天岩人氏，自幼勤勉好学，曾师从延平吴国华先生。宋建中靖国元年（ 1101年），杨时任荆州学府教授时，仲素便与同乡学子陈渊一道投书问学杨时。
1112年，杨时转任萧山知县，仲素又从延平（今福建南平）前来面见先生，三日后，深感先生之博学，竟惊汗浃背，连叹自己若未拜识杨时，恐枉度此生！杨时亦以为门下众多弟子，罗从彦最适于言道。
一日，杨时讲解《易经》时告诉其生徒：“河南伊川先生对《易经》造诣极深，剖析最透彻。尔等若等机会可前往当面就教。”此话他人听后便罢，唯罗从彦十分认真。为筹措盘缠，毅然卖去家中所有田产，不远万里前往洛阳向程颐当面求教，留下“鬻田求学”千古佳话。
罗从彦见先生心情郁闷，便吩咐门子叫来张九成、吕本中、胡寅等杨时得意弟子，一边陪先生喝酒，一边向先生讨教理学之精义。
罗从彦敬罢一巡酒后，便问先生“格物致知”之要旨。
杨时道：《礼记·大学》篇云：“‘致知在格物，格物而后知至，知至而后意诚，意诚而后心正，心正而后身修，身修而后家齐，家齐而后国治，国治而后天下平。’其中之格物、致知、诚意、正心、修身、齐家、治国、平天下，为理学之‘八条目’。
汉郑玄曰：‘知，谓知善恶吉凶之所终始也。’又云：‘格，来也。物，犹事也。其知于善深，则来善物，其知恶深，则来恶物，言事缘人所好来也。’唐孔颖达则以为：‘致知在格物者，若能以学招致所知，则能在于来物。’
伊川先生则曰：‘人乃万物之灵，先天有知也，非由外铄我也，我固有之也。然因物有迁，迷而不知，则天理灭矣，故圣人欲格之。’是故，中立以为：致知必先于格物，物格而后知致，知致斯知止矣，此其序也。
盖格物所以致知，格物而至于物格，则知之者至矣。所谓止者，乃其致处也。知修身推而至于平天下，莫不有道焉，而皆以诚意为主。苟无诚意，虽有其道，不能行。《中庸》论天下国家有九经，而卒日所以行之者一，一者何？诚而已。盖天下国家之大，未有不诚而能动者也，然而非格物致知，乌足以知其道哉？格物，推之而已。”
其弟子张九成续而问道：“河南二程子曰：体用一源，显微无间。此论与‘理一而分殊’之说相背乎？”
杨时连连摇头：“不然也。‘理一’是体，‘分殊’是用，体用虽有别，然用未尝离体也。且以一身观之，四体百骸皆具，所谓体也。至其用处，则履不可加之于首，冠不可纳之于足，则即体而言，分在其中也。吾则以为，理一，仁也；分殊，义也。仁为体，义为用，权其分之轻重，无铢分之差，则精矣。”
二程撒手归西后，中原之地屡遭金兵进犯，北宋江山危如垒卵，朝不保夕，举国上下，人心惶恐。天下大乱，黎民遭涂碳，学论亦难免其劫难。在此天下纷乱之际，杨时毅然肩负起整理师说之重任，修订《伊川易传》、《明道先生文集》、《伊川先生文集》及《程氏经说》，二程遗著方赖以传世。
此外，杨时著书立言，既承续二程理学之精髓，又吸纳张载“气说”之绪言，对“理一分殊”、“格物致知”、“允执阙中”、“已发未发”等诸论，颇多建树。
桃李枝头，花繁果硕。政和元年至建炎三年，杨时寓居毗陵，不余遗力聚徒授学，弟子逾千人，江南名儒罗从彦、王苹、吕本中、关治、陈澜、张九成、萧凯、胡寅、胡宏、刘勉之、廖刚、李郁等上百名东南名士巨儒，皆出其门下。
他们学成之后，散布东南各地，或创办书院，或聚徒授课，纷纷传播濂洛之学，形成理学南传之强大阵容。随后，闽学、湖湘学、婺学之新学便于福建乃至东南区域崛起，东南诸省由既往之蛮荒之地，一跃成为中华文化之重心，倡扬理学之风蔚然兴起，时人誉为“海滨邹鲁”、“理学名邦”。
宋钦宗靖康元年（1126年），北宋寿终正寝，中原沦为夷狄，南宋王朝偏安临安（今浙江杭州），二程理学在北国日见衰微。宋高宗建炎三年（ 1129年）孟夏，杨时落叶归根，返回将乐故里，虽垂垂老矣，仍在将乐、邵武、南平等地聚徒讲学。
南宋绍兴三年（1133年）阳春三月，杨时应延平名士吴仪、陈灌、黄裳、王汝舟等至交之邀请，不顾路途遥远、年迈体弱，乘竹
筏顺金溪而下，前往南剑州剑浦县（今福建南平市延平区）藏春峡宣讲二程理学。
藏春峡位于剑溪之东，两峰环峙，景致清佳。有咏归台、老圃亭、暗香亭、虚心亭与容照岩错落其中，乃延平逸人雅士汇聚吟诗论学之所。宋元佑五年（ 1090年），杨埴公病逝，杨时归乡守孝三年。
其间，他听说剑浦县人士吴辅次子吴国华学问宏博，模范端严，不乐仕宦，与其从弟吴熙卜居于城东之藏春峡，备亭馆诸胜，以山水自误，时称“双璧”，便前往拜访。吴仪视杨时为座上宾，于藏春峡老圃亭摆酒设宴，边饮酒边论学，酒酣之际，杨时便与吴仪赋诗唱和，吟道：
山衔幽径碧如环，
一壑风烟自往还。
不似武陵流出水，
残红那得到人间。
此次杨时于咏归台授完课后，又与吴仪国华先生同游藏春峡，虽年事已高，然兴致不减当年，且诗兴勃发，留下《咏归台》、《老圃亭》、《市隐楼》等诗五首。三日后，杨时自剑州至顺昌县绕道邵武和平书院讲学。
和平书院坐落于邵武和平里西北隅，乃五代后唐工部侍郎黄峭弃官归隐故里时所建，为闽北首创之讲所。杨时十五岁游学邵武时，便于和平书院潜心经史，且日益有声，今日学冠八闽，自然倍受母校尊崇。杨时在此讲学亦格外倾情倾力，从《论语》至《春秋》，自濂学、关学而洛学，无不精讲细说。
杨时自邵武返归故里后，依然壮心不已，时常拄杖前往含云寺讲学，临县泰宁、沙县、顺昌学子纷纷前来听讲。
一日，一听讲者问杨时：“二程一派理学鸿儒皆讲求圣王之学，品高德厚，独思慎行，心怀天下，极具涵养。请教龟山先生，我等后学者如何方能达此境界？”
杨时笑而答曰：“诚敬则可。伊川先生六十五岁遭遣涪州（今四川）编管，横渡汉江之时，因水流湍急，行至中流，所乘船只，几欲颠覆，船中人无不号哭，惟伊川先生正襟安坐如常，毫无惧色。同船者以为圣人，问其缘故，答曰：‘无他，心存诚敬耳’。”
杨时继而阐释道：“‘敬’乃理学者修身养性之道，即令己之心绪聚于道德理性，一心念想天理，使内心不为外物所累，则情感之生发均合乎天理也。持敬，而后便可进入纯然天理之境界，心中惟有天理，而无邪念存焉。”
更令人敬佩者，杨时八十二岁时，尚以嘉美畅达之文辞，译释二程语录，名之《河南先生粹言》，欲使洛学之精华妇孺皆知，理学之光焰烛照东南，实不愧为“程氏正宗”、“闽学鼻祖”。
后人因有感于杨时传承洛学之诚，倡道东南之功，有诗赞曰：
一
道丧千载，两程勃兴。
有的其编，龟山是承。
龟山之南，道则与俱。
有党其徒，望门以趋。
二
受学伊洛，倡道海滨。
开堂睹奥，扶世觉民。
闽称邹鲁，公则鼻祖。
遗像伊然，师表千古。
