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元祐八年（1093），宋哲宋在太后垂帘听政了八年后，终于开始亲政。宋哲宋志大才疏，特别讨厌祖母祖用的旧党一干人。他希望能像父亲宋神宋一样进行变法强国，于是起用章惇为相。章惇，福建人，个性豪俊，博学善文，曾获得欧阳修的举荐，并被王安石亲手提拔重用，是王安石的忠实信徒，因此一上任，就复行新法。
说到王安石变法，就要谈谈北宋后期的党争。北宋后期，党争非常激烈，失败的一方，动不动被流放千里，死于途中。这种党争，就由王安石变法引起，涉及政治、经济、军事、文化诸领域，分新旧两党，新党首领为王安石，旧党领袖则为司马光。
至于两党谁是谁非，到现在专家都没有定论，因为这两党的目的，都是为了拯救北宋朝濒临崩溃的财政危机。但北宋灭亡时，执政的是新党，因此新党承受了历史责任。
陈瓘，南方士大夫的后起之秀，原本南方福建人大多是改革派，像贡川出去的转运使张若谷，福建浦城出身的宰相章惇，福建仙游出身的权相蔡京、蔡卞等。但是陈瓘受杨时理学的影响，政治上比较倾向旧党司马光这一边。
宋元祐元年（1086），司马光将王安石的新法废除殆尽后，才安然去世。那一年陈瓘29岁，担任浙学湖州掌书记。
当时陈瓘的政治倾向还是比较模糊中立的，因此新党的大臣们对他印象比较好，经常照顾提拔他，对他百般拉笼。
要推行新法，就需要信得过的人才，章惇自然就想到了小老乡陈瓘，知道这人才华人品都是一流，因此推荐他为太学博士。
元祐八年底（1093），陈瓘进京，正式担任京官太学博士，就是全国最高学府国子监的教授，这官职有两个职责，一为教书，另一个参与政事，提供咨询，相当于现代的中国人民大学教授兼国务院顾问。
绍圣元年，章惇召陈瓘询问政事说：
“现在国家面临一场革新，以你的观点来看，现在朝政应以什么为重？”
陈瓘想了一下，他知道章惇想推行新政，同时他也觉得宋朝确实需要改革一下，但他不赞同王安石时候的党争，每次党争，总要进行政治迫害，让一大群正直的旧党流放，最后死于路上，朝廷因此变成党争的战场，混乱而没有效率，因此他劝章惇说：
“当今处理朝政应当禀持公正，不能再行朋党之争。打个比方，朝政就像乘船，侈左置右，偏重哪一边都会翻船，都是不可取的。”
章惇一听，不高兴地说：“司马光守旧而不务实，固执而不知变通，放弃先皇政治理想，误国误民。这样的人不算奸邪，那算是什么呢？”
陈瓘毫无惧色，据理力争说：“不了解人的心迹，就怀疑人家的行为，是不可为的；没有罪证，就指责他人奸邪，盲目处治才是最大的误国。当今之急是消除朋党，公平持正，才可以除弊治国。”
于是，两个固执的福建人在朝堂之上争吵了起来，还好陈瓘只是据理力争，没有引向人身攻击，因此章惇虽然十分气愤，但也不得不佩服陈瓘的胆识和学识。
回来后，陈瓘忧心如焚，他对妻子说：“看来回京是一个错误，我和宰相意见不和，新党以后会把我当成敌人，我再也不能过着‘采菊东篱下，悠然见南山’的日子了。”
果然过了不久，作为新党的急先锋和攻击手蔡卞等人，抓住司马光的《资治通鉴》中的某些评论大做文章，将朝廷里的旧党分子大肆攻击贬职，开始排除政治上的异议分子。
陈瓘不得已再次上书，他例举了历史上唐朋党之争误国，请求皇帝公正地对待旧党。
这下蔡卞一伙被落了面子，蔡卞对哥哥说：“这位老乡太不识相了，我在越州时对他那么好，以礼相待，百般照顾，结果他一有机会，就这样对待我，真是一个忘恩负义之徒！这样的人，我们要将他赶出京城。”
很快，新党们就找到了借口，将陈瓘降官衔为沧州通判，实际职务为卫州知州。
陈瓘上任的时候，京城的许多旧党士大夫都来相送，他们原来以为陈瓘是福建人，又是新党提拔的，应该是新党分子，但没想到是自己人，拼了前途不要为旧党说话，因此对他大加称赞。
陈瓘只是苦笑，对他来说，他不过尽了一名臣子的本份，他还不打算是旧党结盟，因此含含糊糊地拒绝了他们的拉笼。
通过这事，本来济济无名、只做学问的中立派陈瓘，开始被旧党看重。
靖康元年（1101年）宋徽宗即位后，陈瓘经尚书右仆射曾布的推荐，再次从地方提拔上来，被任命为右正言，后又升为左司谏。
曾布是新党中的温和派领袖，他与激进派的章惇和蔡氏兄弟都合不来，对陈瓘的持中公正的论述相当认可。
于是，陈瓘正式成为一名言官，所谓言官，主要负责监督百官与向皇帝谏言，政治地位极为突出，在宋朝朝廷里，言官甚至可以对着皇帝的面大喊大叫，只要有道理，就是唾沫星子喷皇帝一脸，皇帝也不敢拿你怎么样。
陈瓘从站在了党争的舞台中心，他认为职责所在，不能不对朝政秉公进言。
一次，宋徽宗谈及朋党之争的问题：“现在上朝动不动吵架，抓住小背辫子就互骂，什么小人、腐儒、奸臣、君子的满天飞，恨不得将对方罢官流放置于死地——这样下去怎么解决国家大事？”
陈瓘当然对朋党之争深为痛绝。他在回答微宗询问时说：“做事应该持公正态度，顾及大体，不要抓住人家枝节小事不放，以其一点，攻击其余。尤其是作为谏官的更应该尊重事实，不要以自己的孤见寡闻来妖言惑众。”
“你呀，还是持中的那一套！”皇帝虽然赞赏陈瓘不偏不倚，但现在和稀泥已经不行了，皇帝要么支持新党，要么支持旧党，没有其它选择了。
崇宁元年（1102）初，陈瓘被任命为考选学士的主选官。蔡卞担心地对哥哥蔡京说：“这次陈瓘被任命为主选官，一定会全部选取史学学士，而罢黜精通经学的学士，用来破坏朝廷现有体制，并且抵制荆公（即王安石）所倡立的学说。”
蔡卞因对陈瓘不满，想借此陷害陈瓘，进而禁绝史学。打定主意后，就只等陈瓘选取学士，找出陈瓘的错处借题发挥。
另一方面，陈瓘也料到蔡卞的阴谋，于是录取的前五名，全都是研究经学的博士及推崇王氏学说的学士，让蔡卞找不到诋毁的借口。但五名以后，全都是研究史学的书生。事后陈瓘说：“当时若不是刻意忍让，两人一定会正面冲突，那么史学也早就遭到废止的命运了。所以为挽救目前的危势，要能灵活机变，有时不必逞一时的快意。”
新党被陈瓘摆了一道，对他咬牙切齿，想找他的问题将他赶下台。
到现在为止，陈瓘一直想当新旧两党的和事佬，他利用自己的出身，左右调解，但结果是新党愈发咄咄逼人，而旧党拼死反抗，两党势同水火，再无调和的可能。
不久，诉陈被贬为扬州粮科院监官；不久又转任无为军知事。
翌年，陈瓘被召回京城，任著作郎，后改任右司马员外郎兼代理给事中。宰相曾布派门客私下告诉陈瓘，将授予他实职，企图以高官想收买他。
陈瓘不为所动，他对儿子陈正汇说：“我与宰相议事多有不合，现在他们以官爵为饵来笼络我，如果我接受他们的推荐，那么与他们所为有什么区别呢？这样做于公于私都有愧。我这里有一道奏章，论及他们的错处，准备呈上去。”
曾布在与大臣们商议朝政时，态度十分傲慢，大声责骂大臣。陈瓘站起来，批评曾布说：“刚才我们是在谈论国家大事，谁是谁非自有公论，宰相不可失去对待士人的礼节。”这下他又把曾布得罪了。
崇年元年五月，随着新党激进派蔡京进京被重用，宋史上规模最大的一次党禁暴发。
于是，历史再次逼迫他站队了。
新党，还是旧党？小人，还是君子？升官，还是流放？这是一个问题。
